Dazu gehören Morbus Crohn und Colitis ulcerosa (1). Die genaue Ursache dieser Krankheiten ist nicht bekannt. Die gängige Ansicht ist, dass diese Krankheiten das Ergebnis einer übertriebenen Immunantwort auf Mikroorganismen im Darm sind, ausgelöst durch eine Kombination aus genetischer Veranlagung und Umweltfaktoren (2). Interessanterweise sind die identifizierten risikosteigernden Gene oft an der Erkennung und Reaktion auf Bakterien sowie an der Funktion der Darmwand beteiligt (2). Die Zusammensetzung des Mikrobioms ist bei IBD-Patienten verändert, und das Fehlen bestimmter kommensaler Bakterienarten (insbesondere Arten, die kurzkettige Fettsäuren bilden) sowie das Vorhandensein pathogener Arten korrelieren mit der Krankheitsaktivität (3,4). Außerdem ist die Zusammensetzung des Mikrobioms im Gegensatz zu gesunden Probanden über die Zeit nicht stabil, selbst bei Patienten in Remission (5). Es erscheint also plausibel zu sagen, dass bei der Wechselwirkung zwischen Immunsystem und Mikrobiom bei IBD etwas grundlegend nicht stimmt. Die Veränderung des Mikrobioms scheint zur Krankheitsremission zu führen, wie eine Studie zeigt, in der 'Kottransplantation' eingesetzt wurde (6).

Dies wird auch als Reizdarmsyndrom oder spastischer Darm bezeichnet. IBS ist in westlichen Ländern verbreitet; Zwischen 10 % und 20 % der Bevölkerung leiden darunter (7). Es ist daher eine der am meisten erforschten Erkrankungen. Die genaue Ursache ist unbekannt und es werden mehrere Faktoren genannt, darunter eine gestörte Kommunikation zwischen Gehirn und Darm, Überempfindlichkeit gegenüber bestimmten Lebensmitteln, leichte Entzündungen (8) und ein gestörtes Mikrobiom. Ein starkes Indiz dafür, dass ein gestörtes Mikrobiom eine Rolle spielt, ist die Tatsache, dass viele Fälle der Krankheit von einer akuten Darminfektion durch ein Bakterium, einen Parasiten oder manchmal ein Virus begleitet werden (7,8). Auch der Einsatz von Antibiotika scheint ein Risikofaktor für die Entwicklung von IBS zu sein. Ein zweiter Hinweis auf eine Rolle des Mikrobioms ist, dass verschiedene Studien eine geringere Vielfalt und eine veränderte Zusammensetzung festgestellt haben (9). Sterile Labortiere, die mit Kot von IBS-Patienten kolonisiert wurden, zeigen eine andere Darmphysiologie (wie langsameren Blutfluss und erhöhte Schmerzempfindlichkeit) als die Besiedlung mit Kot gesunder Menschen (7). Ein letzter Hinweis auf die Rolle des Mikrobioms bei IBS ergibt sich aus der Beobachtung, dass die Beeinflussung des Mikrobioms mit Probiotika in vielen Fällen zur Linderung der Symptome führt. Obwohl eine Form von Probiotika nicht mit der anderen übereinstimmt (jede Bakterienart und sogar jeder Stamm hat unterschiedliche Effekte) und es daher wichtig ist, darauf zu achten, keine klinischen Studien zusammenzufassen, wurden mehrere Metaanalysen veröffentlicht, die zeigen, dass bestimmte Arten von Probiotika bei einigen Patienten zu einer Linderung der Symptome führen (10, 11, 12).

Etwa jeder 20. Menschen leidet an dieser Beschwerde, wobei etwa 40 % der Fälle ältere Menschen betreffen (60+) (13). Bei einigen dieser Patienten ist chronischer Durchfall die Folge einer Erkrankung wie IBD, IBS oder Zöliakie, aber das ist nicht bei jedem Patienten mit chronischem Durchfall der Fall. Chronischer Durchfall kann eine Vielzahl von Ursachen haben, und es ist wichtig, die richtige Ursache für eine angemessene Behandlung zu finden (13). Einige dieser Ursachen, wie Parasiteninfektionen, schlechte Verdauung, bakterielle Störungen im Dünndarm oder Nahrungsmittelintoleranz, stehen aufgrund seiner normalen Funktion unbestreitbar im Zusammenhang mit dem Mikrobiom. Bei Patienten, deren chronischer Durchfall unbekannt ist, wurde gezeigt, dass sich die Zusammensetzung und Verteilung des Mikrobioms in Stuhlproben von gesunden Teilnehmern unterscheidet (14). Zudem bewirkt die Behandlung mit einem Probiotikum wenig oder gar keine Veränderung der Mikrobiomeigenschaften sowie der Symptome oder des Stuhlgangs bei gesunden Teilnehmern, während sie zu deutlichen Veränderungen und einer Abnahme der Symptome bei den Patienten führt (14). Selbst bei Patienten, bei denen die Ursache des Durchfalls bekannt ist (z. B. IBD, Infektion mit pathogenen Bakterien oder Antibiotikaeinsatz), wurde gezeigt, dass eine aktive Modifikation des Mikrobioms mittels Probiotika zu Verbesserungen führt (15), was ein klares Indiz für die Beteiligung des Mikrobioms bei solchen Fällen chronischen Durchfalls ist.